Ugotovljeno je, da ima meditacija številne ugodne učinke na duha in telo, še najbolj raziskana je meditacija z brezpomensko mantro. Omogoča globlji počitek kot v najglobljem snu, temu primerno pa se odziva tudi fiziologija, kar je izmerjeno z aparaturami v zdravstvenih institucijah po vsem svetu.

Delovanje leve in desne možganske polovice in posameznih predelov znotraj vsake možganske polovice se medsebojno uskladi v frekvenci in fazi. ‘Razglašeni’, stresni možgani postanejo z redno meditacijo ‘urejeni’, zbrani in sposobni trenutno poiskati optimalne rešitve v raznih življenjskih situacijah.

Celoten živčni sistem namreč med meditacijo zavzame posebno urejeno stanje, v katerem so posamezne živčne celice, nevroni, medsebojno maksimalno usklajeni. To stanje pa se vse bolj zadrži in ohranja tudi izven meditacije. Usklajeno delovanje možganov in mnogih življenjskih funkcij je vir usklajenega delovanja in dobrega počutja.

Ugodnih učinkov meditacije na človekov organizem se je na znanstven in poljuden način dotaknil Mitja Peruš v svoji tretji knjigi “Biomreže, mišljenje in zavest”.

Med meditacijo in še nekaj časa po njej oddajajo torej možgani zelo ugodna alfa-valovanja, to je med 8-12 Hz, ki so značilna za zadovoljne in uspešne ljudi z urejenim življenjem. Ta valovanja se v možganih sicer spontano sprožajo, kot pokažejo meritve EEG (elektroencefalogram), ko budni in zadovoljni počivamo z zaprtimi očmi. Na primer v trenutkih, ko se zjutraj prebujamo ali preden zvečer zaspimo, ko ležimo na plaži ali uživamo v trenutkih oddiha.

V meditaciji se intenzivneje sproščajo zdravju koristni endomorfini. To so molekule ‘nevrotransmiterji’, ki iz možganov uravnavajo telesne funkcije in skrbijo za dobro zdravje in počutje. Imenujemo jih tudi ‘hormoni sreče’, saj so fizična osnova za občutek zadovoljstva. Endomorfini se naravno sproščajo v telesu, ko počnemo stvari, ki nas veselijo, sistematično pa med meditacijo. V tem smislu je meditacija odlična tehnika za osvobajanje od raznih težjih ali lažjih zasvojenosti. Daje nam neposreden občutek miru, ravnotežja in zadovoljstva, torej prav to, česar nam danes, v tem hitrem tempu in stresnih časih, še kako primanjkuje.

V krvi se zmanjša količina laktatov, ki so pokazatelji preobremenitve in stresa. V telesu se odvija zdrava biokemija, ki je osnova telesnemu zdravju in dobremu počutju.
Izredno ugodno učinkuje meditacija tudi na srčne bolnike in na povišan krvni pritisk. Ker se zato zmanjša obisk pri zdravniku in število kapi, imajo v nekaterih deželah v severni Evropi ljudje, ki redno meditirajo, znižano osnovo za plačevanje zdravstvenega zavarovanja.

Krvna analiza kaže med meditacijo na globlji počitek kot je v najglobljem snu. Znatno se zmanjša tudi poraba kisika. Merjenje prevodnosti kože kaže na izredno sproščeno psihosomatsko stanje organizma med meditacijo.

Najpomembneje pa je to, da se trenutni učinki med izvajanjem meditacije z redno prakso vse bolj širijo tudi izven časa trajanja meditacije. Dokazano je, da se pri ljudeh, ki redno meditirajo, izboljšajo odnosi v družini in okolju. Obujajo se srčne kvalitete, razvija strpnost in sočutje. Na vseh življenjskih področjih je opazna večja ustvarjalnost, originalnost in sproščenost, tako pa se izboljša tudi študijski in delovni uspeh.

Meditacija osvobaja živčni sistem napetosti in stresa ter nas vrača k naravnemu in uravnoteženemu reagiranju, usklajenemu z nami in okoljem.
Z redno meditacijo se razvijajo višja stanja zavesti, v katerih vidimo več, podobno kot če splezamo na hrib, vidimo več kot iz doline. Za višja stanja zavesti je značilen poseben način delovanja telesa in duha: ko možgani delujejo bolj usklajeno, je tudi naše razmišljanje bolj zdravo in uravnoteženo. V takih stanjih zaznavamo in uporabljamo več kot le običajnih nekaj odstotkov možganske zmogljivosti, zavest se širi in notranja kapaciteta raste.