Izvor kefirja sega daleč v zgodovino. Pred stoletji so ga že znali pridelati pastirji v Kavkaškem gorovju, ko so odkrili, da sveže mleko v usnjenih mehurjih včasih fermentira v pijačo z mehurčki.
Legenda pravi, da so zrna kefirja darilo pravoslavnim ljudem od Mohameda, ki jim je naročil, kako morajo uporabljati ta zrna. Mohamed je strogo prepovedal tem ljudem, da naj ne izdajo skrivnosti pridelave kefirja, prav tako pa teh zrn ne smejo dati nikomur, saj bodo drugače izgubila njihove magične značilnosti. Tako si lahko razločimo, zakaj je dolga leta bila priprava kefirja strogo varovana skrivnost.
Večino zabeležene zgodovine so kefir na skrivaj pripravljali izven Kavkaškega gorovja, čeprav ga je Marco Polo omenjal v njegovih potovanjih. Kefir je v preteklosti postal znan v Rusiji, južnozahodni Aziji ter vzhodni in severni Evropi, pred kratkim pa so njegove dobre značilnosti opazili tudi v Združenih državah.
V osnovi je kefir narejen iz tako imenovanih kefirjevih zrn, katera izgledajo kot manjša cvetača. Ta zrna pa so sestavljena iz kazeina ter želatinastih kolonij mikroorganizmov, ki rastejo skupaj v simbiozi.
Prevladujoče mikroflore kefirja so Saccharomyces kefir, Torula kefir, Lactobacillus caucasicus, Leuconnostoc species in mlečni streptokoki. Nekateri vrsti kefirja pa dodajajo tudi kvas. Ti mikroorganizmi je tisto, kar loči kefir od drugih mlečnih izdelkov.