Izvor kefirja sega daleฤ v zgodovino. Pred stoletji so ga ลพe znali pridelati pastirji v Kavkaลกkem gorovju, ko so odkrili, da sveลพe mleko v usnjenih mehurjih vฤasih fermentira v pijaฤo z mehurฤki.
Legenda pravi, da so zrna kefirja darilo pravoslavnim ljudem od Mohameda, ki jim je naroฤil, kako morajo uporabljati ta zrna. Mohamed je strogo prepovedal tem ljudem, da naj ne izdajo skrivnosti pridelave kefirja, prav tako pa teh zrn ne smejo dati nikomur, saj bodo drugaฤe izgubila njihove magiฤne znaฤilnosti. Tako si lahko razloฤimo, zakaj je dolga leta bila priprava kefirja strogo varovana skrivnost.
Veฤino zabeleลพene zgodovine so kefir na skrivaj pripravljali izven Kavkaลกkega gorovja, ฤeprav ga je Marco Polo omenjal v njegovih potovanjih. Kefir je v preteklosti postal znan v Rusiji, juลพnozahodni Aziji ter vzhodni in severni Evropi, pred kratkim pa so njegove dobre znaฤilnosti opazili tudi v Zdruลพenih drลพavah.
V osnovi je kefir narejen iz tako imenovanih kefirjevih zrn, katera izgledajo kot manjลกa cvetaฤa. Ta zrna pa so sestavljena iz kazeina ter ลพelatinastih kolonij mikroorganizmov, ki rastejo skupaj v simbiozi.
Prevladujoฤe mikroflore kefirja so Saccharomyces kefir, Torula kefir, Lactobacillus caucasicus, Leuconnostoc species in mleฤni streptokoki. Nekateri vrsti kefirja pa dodajajo tudi kvas. Ti mikroorganizmi je tisto, kar loฤi kefir od drugih mleฤnih izdelkov.
